文在寅大統領が、独立した捜査団を作って国防部を捜査するようにと、国防部長官に直接指示しました。
軍、詳しくは「国軍機務司令部」が、まだ朴槿恵大統領だった頃、ろうそくデモの時に戒厳令を検討する案を作成した（もちろん、検討で終わりました）ことがその理由です。
機務司令部は、対スパイ（ほとんどは対北朝鮮）、保安担当の業務を行う軍の部署です。前は「保安司令部」と呼ばれていました。
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＜ムン・ジェイン大統領は、ろうそく集会当時、国軍機務司令部が戒厳令検討文書を作成したことと関連し、独立捜査団を構成し、迅速かつ公正に捜査することをソン・ヨウンム国防部長官に指示した・・＞
また、機務司令部がセウォル号遺族たちのことを査察した件も、捜査を指示したとのことです。大統領府報道官は、「今回の事件に前・現職国防部の関係者が広く関連している可能性がある」としました。
http://v.media.daum.net/v/20180710105959907?rcmd=rn
なにもせずに戒厳令からやったとか、法的プロセスを無視して勝手に戒厳令を出したとか、そんなことがあったなら確かに大きな問題です。しかし、あの状況下で「検討するように」との案を作ったのは、彼らなりの仕事をしただけではないか・・な気がしますが。
それに、セウォル号遺族だけでなく、スパイではないかという疑惑（北朝鮮側と繋がっているかどうか）があるなら、調べるのが普通でしょうに。
とりあえず、今回の件で、国防部でも多くの人が「入れ替わる」ことになるでしょう。
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